别再堆Panel了，Figure排版其实很有讲究。
本期跟大家分享的是发表在 Nature Communications 上的题目为 Harnessing a germ‑free mouse gut bioreactor for directed evolution of probiotics to combat non-alcoholic fatty liver disease 的研究论文的排版和配色！
科研配色拆解见: 跟着顶刊学配色 107 | Nat communications
Han, Z., Sun, Z., Liu, X. et al. Harnessing a germ‑free mouse gut bioreactor for directed evolution of probiotics to combat non-alcoholic fatty liver disease. Nat Commun 17, 3133 (2026).
FIG. 1
Figure 1. 宿主适应筛选获得具有增强胆盐水解活性的双歧杆菌菌株
(a) 从体外筛选、宿主介导体内适应到NAFLD疗效验证的整体实验流程。
(b) 12株候选菌株的钙沉淀实验及胆盐水解能力比较。
(c) 候选菌株胆盐水解酶（BSH）活性分析。
(d) 不同菌株在酸和胆盐胁迫下的存活率。
(e) 不同菌株的生长动力学分析。
FIG 2
Figure 2. 体内适应和体外诱导筛选获得高BSH活性菌株
(a) H22B656连续传代的体外诱导流程。
(b) 体外诱导菌株BSH活性变化。
(c) GF小鼠定植及高脂高胆固醇饮食诱导的体内适应流程。
(d) 体内适应菌株BSH活性变化，
并筛选获得W5S9菌株。
FIG 3
Figure 3. W5S9基因组和转录组变化揭示其胆汁酸代谢能力增强
(a–b) W5S9与H22B656基因组单核苷酸变异（SNVs）的分布及功能注释。
(c–d) W5S9与H22B656差异表达基因分析。
(e) 胆盐水解及后续胆汁酸转化代谢途径示意图。
(f–g) W5S9中 cbh 和 mdr 基因表达变化。
FIG 4
Figure 4. 关键突变促进W5S9胆盐水解和胆汁酸耐受能力
(a–b) 测序验证W5S9中的关键SNVs。
(c) 不同胆汁酸条件下野生型及突变启动子报告基因活性比较。
(d、f) 不同胆汁酸条件下相关基因表达分析。
(e) 不同菌株BSH活性比较。
(g) 不同胆汁酸处理下菌株生长能力分析。
(h–i) WT和N192D MDR蛋白与不同胆汁酸的分子对接及结合结构分析。
FIG 5
Figure 5. W5S9改善高脂饮食诱导的肝脏脂质蓄积和NAFLD表型
(a) 小鼠分组及菌株干预实验流程。
(b–c) 粪便中H22B656和W5S9的定植水平分析。
(d–e) 各组小鼠体重变化。
(f) 血清生化指标检测。
(g–h) 肝组织H&E及油红O染色。
(i) 肝脏脂质蓄积定量分析。
FIG 6
Figure 6. W5S9重塑肠道菌群和胆汁酸代谢
(a) 各组肠道菌群α多样性分析。
(b–c) 基于Bray-Curtis距离的菌群组成及组间差异分析。
(d–g) 各组靶向胆汁酸代谢组分析。
(h) 各组共有差异胆汁酸分析。
(i) 差异代谢物的KEGG通路富集分析。
(j) 初级胆汁酸合成及BSH介导胆汁酸去结合过程示意图。
(k) 关键胆汁酸水平比较。
